La vegetación predominante aquí es el bosque de encino. Desde este punto, se observa la transición del bosque tropical caducifolio a los bosques de encino, categorizados como templados. Incluyen también bosques de coníferas, pino, abeto, ayarín, cedro, y mixtos de pino y encino. México alberga el 50% de las especies de pinos del mundo y cerca del 33% de encinos, con un total de 7 mil especies diferentes de plantas en estos bosques.

En la sierra de Ahuisculco, el bosque de encino cubre las zonas más altas y se presenta de forma pura o asociado con pinos y otras especies. Entre las principales especies del sitio están los encinos del género Quercus, el árbol de corcho (Diphysa suberosa), el madroño rojo (Comarostaphylis glaucescens) y el capulincillo (Vaccinium stenophyllum).